O jogo é estruturado em fases de rolagem lateral com foco em chefes e progressão por estágios. O jogador escolhe X ou Zero e pode alternar entre eles durante a campanha. X prioriza disparos à distância e melhorias de armadura, enquanto Zero aposta no combate corpo a corpo com sabre e alta mobilidade. Ao derrotar chefes, o jogador obtém armas especiais, e as fraquezas elementais são muito importantes. Um cronômetro interno de 16 horas acompanha a crise de Eurasia, e o final muda conforme progresso, resgates e decisões importantes.

X

Um dos dois protagonistas principais, especializado em ataques à distância e armadura aprimorável.

Zero

O outro protagonista principal, focado em combate corpo a corpo e mobilidade elevada.

Sigma

O antagonista recorrente da série, novamente a principal ameaça.

Alia

Funcionária de apoio que fornece análises de missão e comunicação.

Douglas

Técnico responsável por melhorias de armadura e peças para X.

Vale começar pelas fases cujos chefes tenham fraquezas fáceis de explorar, para conseguir armas que facilitem o restante do jogo. Com X, priorize peças de armadura e a precisão do tiro carregado; com Zero, pratique dash, controle aéreo e sequências de sabre. Se o tempo estiver apertado, dê preferência às missões que reduzem a ameaça antes de sair explorando itens opcionais. Procure paredes quebráveis e rotas verticais para achar peças ocultas.

Dicas

Aprenda cedo as diferenças entre X e Zero para definir seu estilo principal.

Dicas

Não tente completar tudo no primeiro jogo; eficiência é mais importante com limite de tempo.

Dicas

As armas de fraqueza dos chefes podem reduzir bastante a dificuldade se usadas corretamente.